计算机会计系统应在开发阶段就要对使用该系统的有关人员进行培训，提高这些人员对系统的认识和理解，以减少系统运行后出错的可能性。外购的商品化软件应要求软件制作公司提供足够的培训机会和时间。在系统运行前对有关人员进行的培训，不仅仅是系统的操作培训，还应包括让这些人员了解系统投入运行后新的内部控制制度、计算机会计系统运行后的新的凭证流转程序、计算机会计系统提供的高质量的会计信息的进一步利用和分析的前景等等。
(四)系统转换
新的计算机会计系统在投入使用，替换原有的手工会计系统或旧的计算机会计系统，必需经过一定的转换程序。企业应在系统转换之际，采取有效的控制手段，作好各项转换的准备工作，如旧系统的结算、汇总，人员的重新配置、新系统需要的初始数据的安全导入等。新的计算机会计系统是否优于旧系统，还需要进一步接受实践的检验，因企业的具体情况不同，新的计算机会计系统不一定比旧的计算机会计系统更适合企业的经营特点，甚至购买或自行开发的计算机会计系统还不如手工会计系统更适合企业的经营特点。因此企业在系统转换之际，采用新旧系统并行运行一段时间，以便检验新的计算机会计系统。并行运行的时间一般至少为三个月。
(五)程序修改控制
企业经营活动变化及经营环境变化，可能导致使用中的软件进行修改，计算机会计系统经过一段时期的使用也会发现一些需要进行修改的地方，因此，软件的修改是难以避免的。对会计软件进行修改必须经过周密计划和严格记录，修改过程的每一个环节都必须设置必要的控制，修改的原因和性质应有书面形式的报告，经批准后才能实施修改，计算机会计系统的操作人员不能参与软件的修改，所有与软件修改有关的记录都应该打印后存档。
二、管理控制
管理控制是指企业建立起一整套内部控制制度，以加强和完善对计算机会计系统涉及的各个部门和人员的管理和控制。管理控制包括组织机构的设置、责任划分、上机管理、档案管理、设备管理等等。
(一)组织机构设置
企业实现了会计电算化后，应对原有的组织机构进行适当的调整，以适应计算机会计系统的要求。企业可以按会计数据的不同形态，划分为数据收集输入组、数据处理组和会计信息分析组等组室;也可以按会计岗位和工作职责划分为计算机会计主管、软件操作、审核记帐、电算维护、电算审查、数据分析等岗位。组织机构的设置必须适合企业的实际规模，符合企业总体经营目标，并且，应按精简、合理的原则对组织机构的设置进行成本效益分析。
