随着计算机使用范围的扩大，利用计算机进行的贪污、舞弊、诈骗等犯罪活动也有所增加，由于储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至能不留痕迹地篡改，数据库技术的提高使数据高度集中，未经授权的人员有可能通过计算机和网络浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的数据。
计算机犯罪具有很大的隐蔽性和危害性，发现计算机舞弊和犯罪的难度较之手工会计系统更大，计算机舞弊和犯罪造成的危害和损失可能比手工会计系统更大，因此，电算化会计系统的内部控制不仅难度大、复杂，而且还要有各种控制的计算机技术手段。
由此可见，计算机会计系统的内部控制制度与手工会计系统的内部控制制度相比较，计算机会计系统的内部控制是范围大、控制程序复杂的综合性控制，是控制的重点为职能部门和计算机数据处理部门并重的全面控制，是人工控制和计算机自动控制相结合的多方位控制。
随着计算机在会计工作中的普遍应用，管理部门对由计算机产生的各种数据、报表等会计信息的依赖越来越大，这些会计信息的产生只有在严格的控制下，才能保证其可靠性和准确性。同时也只有在严格的控制下，才能预防和减少计算机犯罪的可能性。
计算机会计系统的内部控制制度，从计算机会计系统的建立和运行过程来看，可分为对系统开发和实施的系统发展控制、对计算机会计系统各个部门的管理控制、对计算机会计系统日常运行过程的日常控制。
一、系统开发、发展控制
计算机会计系统的系统开发、发展控制包括开发前的可行性研究、资本预算、经济效益评估等工作，开发过程中系统分析、系统设计、系统实施等工作，以及对现有系统的评估、企业发展需求，系统更新的可行性研究，更新方案的决策等工作。系统开发、发展控制的主要内容一般包括以下几方面。
(一)授权和领导认可
计算机会计系统的开发和发展必需经过有关领导的认可和授权，这关系到系统开发、发展、更新等项目的成败。计算机会计系统的开发项目一般投资金额都比较大，对企业整体管理目标的影响也比较大，往往需要对原有的管理体制进行较大的改革，是牵一发动全身的重大举措，因此必需得到授权和领导认可。计算机会计系统的发展和更新是对原有计算机会计系统进行重大改进，同样对会对企业管理体制造成较大的影响，同时对现有计算机会计系统的任何改动都可能危及整个系统的安全可靠，因此也必需得到授权和领导认可。而且领导的授权和认可也有利于保证系统开发和发展的物资和资金的需要。
(二)符合标准和规范
计算机会计系统的开发和发展项目，不论是自行组织开发还是购买商品化软件，都必需遵循国家有关机关和部门制订的标准和规范。其中包括符合标准和规范的开发和审批过程、合格的开发人员或软件制造商、系统的文件资料和流程图、系统各功能模块的设计等等。目前我国已经颁布的有关国家标准和规范主要由财政部1994年颁布执行的《会计电算化管理办法》、《会计核算软件基本功能规范》、《会计电算化工作规范》、《商品化会计核算软件评审规则》等，各地也颁布各种地方标准，如上海市财政局颁布的《上海市会计电算化实施办法》等地方性标准。按标准和规范开发和发展计算机会计系统可以使企业计算机会计系统更加可靠、更加完善，有利于对系统的维护和进一步的发展、更新。
