中国科学院上海巴斯德研究所(以下简称上海巴斯德所)于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。2019年12月9日，中国科学院党组将上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位的管理序列。