中国科学院南京地理与湖泊研究所，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，目前是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的国立综合研究机构。中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。

　　研究所以湖泊科学和流域地理学为特色学科，瞄准湖泊-流域学科国际前沿，针对我国湖泊-流域生态环境与可持续发展中的重大问题，围绕湖泊生态系统演化、湖泊环境治理、流域地理与可持续发展等学科方向，聚焦湖泊-流域科学基础理论、核心技术、系统治理和综合管理等科学问题，开展自然和人文要素驱动下湖泊-流域系统格局、过程、机理与调控的基础性、战略性和前瞻性研究;发展湖泊科学和流域地理学新理论、新方法和新技术，引领湖泊-流域学科发展，显著提升解决湖泊-流域生态环境及可持续发展综合性、复杂性和系统性问题的能力，为我国湖泊资源合理利用、湖泊环境质量改善和生态系统服务功能提升、流域综合管理和区域协调发展提供重要支撑;构建先进的湖泊-流域科技创新平台，培养造就湖泊-流域科学领域高层次人才队伍，成为国际一流的湖泊科学和流域地理学研究中心。