(1)整体观和综合观。生物的不同层次是由具有特定功能的、相互间具有有机联系的许多要素所构成的一个生态整体;组成生态整体的各个要素总是综合地发挥作用。整体性观点是生态学区别于其他学科的基本观点，他要求始终把不同层次的研究对象作为一个生态整体来对待，注意其整体的生态特征。一般来说，科学研究需要由整体到部分的还原方法和从部分到整体的综合方法这两者的结合，但由于长期以来，存在着还原有余而综合不足的倾向，尤其是要解决目前全人类面临的能源、环境等生存危机，所以生态学特别强调整体性和综合性的研究，该观点的意义还在于，尽管人类文明取得了巨大的科技进步，但人类仍然离不开对自然环境的依赖，仍然是世界生态系统这一整体的一部分。
(2)层次结构理论。层次结构理论是整体观和综合观的基础。该理论认为客观世界的结构都是有层次的，而且这种层次在宏观和微观上都是无限的。组成客观世界的每个层次都有自己特定的结构和功能，对任一层次的研究和认识都不能代替对另一层次的研究和认识。
(3)新生特性原则。当低层次的单元结合在一起组成一个较高层次的功能性整体时，总会有一些在低层次从未有过的新生特性产生。
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